Đệ nhị thế chiến năm 1939 chấm dứt chủ quyền Ba Lan, quân Đức xâm lược vào ngày 1 tháng 9 năm 1939, một tuần sau khi Đức cùng Liên Xô ký Hiệp ước Xô-Đức bí mật, ngày đó Đức và Slovakia tấn công Ba Lan và vào ngày 17 tháng 9 quân Xô Viết tấn công đông Ba Lan. Warszawa thất thủ ngày 28 tháng 9 sau cuộc vây đánh 21 ngày. Phong trào khánh chiến công khai ngưng ngày 6 tháng 10 năm 1939 sau Trận Kock, Đức và Liên Xô chiếm đóng hầu hết nước. Litva sát nhập Khu vực Vilnius, Slovaia chiếm khu dọc biên giới phía nam, bao gồm Górna Orawa và Tatranská Javorina mà Ba Lan sát nhập từ Tiệp Khắc tháng 10 năm 1938. Ba Lan không đầu hàng nhưng tiếp tục chiến đấu có chính phủ lưu vong cùng Chính phủ địa hạ Ba Lan che chở. Sau việc ký kết Hiệp ước hữu nghị, hợp tác và phân ranh giới Đức-Nga ngày 28 tháng 9 năm 1939, đất Ba Lan bị Đức chiếm đóng hoặc bị sát nhập vào nước hay thành một phần của Chính quyền chiếm đóng, Liên Xô sát nhập đông Ba Lan, một phần cho Bạch Nga và một phần cho Ukraina sau cuộc bầu cử các nghị hội nhân dân Tây Ukraina (tháng 11 năm 1939) và Tây Bạch Nga (22 tháng 10 năm 1939).

Kế hoạch tác chiến Ba Lan (Kế hoạch phía tây và Kế hoạch phía đông) thất bại ngay khi Đức xâm lược năm 1939; tổn thất giao chiến (giết và mất trong hành động) là 70,000 lính, còn 420,000 bị bắt làm tù nhân, tổn thất do Hồng quân (xâm lược ngày 17 tháng 9) thêm 6,000 đến 7,000 lính giết và mất tích trong hành động, 250,000 làm tù nhân. Tuy quân đội Ba Lan ở trong tình thế bất lợi—phe Đồng minh bị động—nhưng gây được thiệt hại nghiêm trọng với kẻ thù: 20,000 lính Đức bị giết hay mất tích trong hành động, 674 xe tăng và 319 xe bọc thép bị phá hủy hay hư hại nặng nề, 230 phi cơ bị bắn hạ, Hồng quân mất 2,500 lính (giết hoặc mất tích trong hành động), 150 xe bọc thép và 20 phi cơ. Cuộc xâm lược Ba Lan của Liên Xô, cộng với thiếu viện trợ đã hứa của Đồng minh phương Tây, dẫn tới lực lượng Ba Lan đại bại ngày 6 tháng 10 năm 1939.

Có truyền thuyết phổ biển rằng kỵ binh Ba Lan có giáo tấn công xe tăng Đức trong chiến dịch tháng 9 năm 1939. Thường thuật lại, đầu tiên do các nhà báo Ý tường trình làm tin tuyên truyền Đức, truyền thuyết liên quan đến hành vi của Trung đoàn đánh giáo thứ 18 Ba Lan gần Chonjnice, do báo cáo sai về xung đột duy nhất ngày 1 tháng 9 năm 1939 gần Krojanty, khi hai đội kỵ binh có kiếm phục kích và hủy diệt bộ binh Đức. Sau nửa đêm, Sư đoàn thứ hai (cơ giới hóa) buộc phải rút lui bởi kỵ binh Ba Lan trước khi họ bị xe bọc thép Đức phục kích. Truyền thuyết hình thành vì vài xe bắn hạ 20 lính trong khi kỵ binh chạy thoát, nhưng ngay cả điều này không thể thuyết phục mọi người xem lại quan điểm; vài người nghĩ rằng kỵ binh bị dùng sai trong năm 1939.

Giữa năm 1939 và 1990, chính phủ lưu vong Ba Lan hoạt động ở Paris và sau này ở London, tự coi bản thân là đại biểu hợp pháp và chính đáng duy nhất của dân tộc Ba Lan. Năm 1990, Tổng thống lưu vong cuối cùng, Ryszard Kaczorowski, giao huy hiệu tổng thống cho Tổng thống mới đắc cử Lech Wałęsa, báo hiệu tính liên tục từ Đệ nhị sang Đệ tam nước cộng hòa.